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qqercc

这是我制作的第5个R包，里面包含了DESeq2的基因标准化方法和我自己的平均值、中位数标准化方法，看起来还是DEseq2的方法与文献中一致 qqercc 对添加ERCC spike-in的RNA-SEQ数据进行标准化 安装 install.packages("devtools") library(devtools) 如果连接失败： 1.尝试修复Hosts配置 2.尝试Win+R，输入...

Posted by gagalab on November 26, 2024

qqgmt

这是我制作的第四个R包，做基因集富集分析的话偶尔是需要自己定义基因集的。 qqgmt！ 在学习gsea分析时写的，可以一键获得DIY的gmt文件 安装 install.packages("devtools") library(devtools) 如果连接失败： 1.尝试修复Hosts配置 2.尝试Win+R，输入inetcpl.cpl 直接打开Internet选项。打开后，在高级中勾...

Posted by gagalab on October 20, 2024

qqdeg

这是我制作的第三个R包，原因就很简单了，因为懒^-^ qqdeg！ 一键获得DEG和enrich! 安装 install.packages("devtools") library(devtools) 如果连接失败： 1.尝试修复Hosts配置 2.尝试Win+R，输入inetcpl.cpl 直接打开Internet选项。打开后，在高级中勾选使用TLS 1.0、使用TLS...

Posted by gagalab on August 20, 2024

qqseq

这是我制作的第二个R包 在进行基因敲除时，需要设计在一个外显子两端的内含子上的sgRNA，但是一般数据库只提供了CDS序列或者外显子序列，复制黏贴内含子序列是很麻烦的，因此qqseq应运而生 qqseq！ 在学习基因敲除实验时写的，可以一键获得转录本的外显子和内含子序列 install.packages("devtools") library(devtools) 如果连接失败：...

Posted by gagalab on July 20, 2024

qqpcr

这是我制作的第一个R包，对我来说意义重大同时也非常实用 qqpcr 这是一个被设计用于快速获得qpcr相对表达量的工具。 https://github.com/liuyuchenlab/qqpcr. 初次安装需要提前安装devtools: install.packages("devtools") library(devtools) devtools::install_githu...

Posted by gagalab on November 20, 2023

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