这是我制作的第一个R包，对我来说意义重大同时也非常实用
qqpcr
这是一个被设计用于快速获得qpcr相对表达量的工具。
https://github.com/liuyuchenlab/qqpcr.
初次安装需要提前安装devtools:
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github('liuyuchenlab/qqpcr')
library(qqpcr)
读取CT值
CT值是qpcr的原始数据:
data(PCR)
#PCR <- read.csv('test.csv')
注意，读取的数据需要和示例数据格式相同：
运行函数
results <- qqpcr(PCR, reference_gene = "Gapdh", control_group = "control")
函数运行后会自动保存行列转换的ct值、相对表达量、统计数据和一张基础柱形图到当天日期的文件夹里
在Rstuido中自动打印三张图片：
基础柱形图
P值柱形图
显著性标记柱形图
默认只有16个颜色，也可以添加自定义颜色和截断
custom_colors <- c("#FF0000", "#00FF00", "#0000FF") # 用户自定义的颜色
results <- qqpcr(PCR, 'Gapdh', 'control', breaks = list(c(4, 10), c(14, 20),c(25,30)), custom_colors = custom_colors)
