qqseq

Posted by gagalab on July 20, 2024
这是我制作的第二个R包
在进行基因敲除时,需要设计在一个外显子两端的内含子上的sgRNA,但是一般数据库只提供了CDS序列或者外显子序列,复制黏贴内含子序列是很麻烦的,因此qqseq应运而生

qqseq!

在学习基因敲除实验时写的,可以一键获得转录本的外显子和内含子序列
install.packages("devtools")


library(devtools)  
如果连接失败:
1.尝试修复Hosts配置
2.尝试Win+R,输入inetcpl.cpl 直接打开Internet选项。打开后,在高级中勾选使用TLS 1.0、使用TLS 1.1、使用TLS 1.2、使用TLS 1.3。
安装前先把依赖包安装并更新,安装时会有提示,若安装失败可下载依赖包的tar包本地安装
devtools::install_github('liuyuchenlab/qqseq')  

library(qqseq) 

示例使用

使用ensembl的转录本id来进行索引,目前只能用mm39的小鼠和hg38的人类,需要其他物种或者参考基因组的可以自己改一下代码,十分方便
小鼠mouse,人类human
result <- qqseq("ENSMUST00000127786", "mouse")

这里会在当前文件夹保存一个transcrpt_id_gene_name_speices.csv的文件

qqseq检测负义链的start和end与ENSEMBL是反的

但是保存的序列与ENSEMBL一致

负义链

ENSMUST00000153883
ENSEMBL

image

qqseq位置

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qqseq序列

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正义链

ENSMUST00000152916
ENSEMBL

image

qqseq位置

image

qqseq序列

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有时会出现ensembl链接超时的问题,不过问题不大,再试一次就好了