qqgmt

Posted by gagalab on October 20, 2024
这是我制作的第四个R包,做基因集富集分析的话偶尔是需要自己定义基因集的。

qqgmt!

在学习gsea分析时写的,可以一键获得DIY的gmt文件
安装
install.packages("devtools")
library(devtools)
如果连接失败:
1.尝试修复Hosts配置
2.尝试Win+R,输入inetcpl.cpl 直接打开Internet选项。打开后,在高级中勾选使用TLS 1.0、使用TLS 1.1、使用TLS 1.2、使用TLS 1.3。
devtools::install_github('liuyuchenlab/qqgmt')  
library(qqgmt)  
列名必须是gene
示例数据

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示例代码,”2022minor_ZGA_genes.xlsx”这里只能读取xlsx文件,第二个”Minor ZGA genes(Chunxia,2022)”是DIY基因集里面的名字,”NA”是对这个基因集的描述,NA就是没有的意思。
qqgmt("2022minor_ZGA_genes.xlsx", "Minor ZGA genes(Chunxia,2022)", "NA")
运行代码后可得到一个和输入文件名同名的gmt文件

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里面长这样

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快去试试吧!